Projets professionnels

D-Genies

Les dot plots sont largement utilisés pour comparer deux génomes car ils permettent de mettre en évidence de manière synthétique les répétitions, les cassures et les inversions. Les outils actuels générant des dots plots à partir d'alignement sont souvent limités par la taille des séquences en entrée. D-genies est une application (standalone ou web) qui réalise l'alignement de grands génomes en utilisant minimap2 et génère un dot plot interactif. Il permet aux utilisateurs de trier les séquences par rapport à la référence, zoomer sur le graphique et de télécharger les images, les alignements ou les fichiers de séquences. D-genies est un logiciel facile à installer, sous licence GPL, développé en Python et en JavaScript. Le code source est téléchargeable ici : https://github.com/genotoul-bioinfo/dgenies. L'article soumis peut être consulté à l'adresse suivante : https://peerj.com/preprints/26567/.

CompPhy

URL: http://www.atgc-montpellier.fr/compphy/

CompPhy est une plate-forme Web qui permet de manipuler, visualiser et comparer des arbres phylogénétiques dans un environnement collaboratif. CompPhy est un outil unique regroupant des opérations de comparaison d'arbres telles que la restriction de deux arbres à leurs taxons communs, la permutation automatique des branches autour d'un noeud (“automated branch swaps”) afin de mettre en correspondance les feuilles de deux arbres, le calcul de consensus d’arbres et de super-arbres. L’application propose deux façons de manipuler les arbres : soit en choisissant deux arbres pour une visualisation détaillée en face à face, soit en traitement par lots par des opérations sur plusieurs centaines d’arbres. La version 2 apporte de nouvelles fonctionnalités et améliore considérablement celles existantes afin de répondre au mieux aux besoins spécifiques des biologistes. Les principaux développements concernent l’interactivité et la fluidité de l’interface ainsi que les aspects collaboratifs. Pour ces derniers, la granularité est notamment affinée pour permettre une gestion au niveau de chaque arbre. La version 2 de CompPhy est actuellement disponible sur la plate-forme ATGC (adresse ci-dessus).

MetExplore

URL: http://metexplore.toulouse.inra.fr
Rapport de stage: Rapport_de_stage_Floreal_Cabanettes_M2BBS.pdf
Présentation de stage: Presentation_Floreal_Cabanettes_M2BBS.pdf

Le processus de reconstruction métabolique consiste à définir la liste des réactions biochimiques intervenant dans le métabolisme d'un organisme. Afin de faciliter, d'accélérer et d'améliorer ce processus, nous avons complété le serveur Web MetExplore (Cottret et al, 2010) avec de nouvelles fonctionnalités de partage et d’amélioration de l’annotation des réseaux. Désormais, les utilisateurs enregistrés peuvent créer un projet et le partager avec d'autres utilisateurs afin que ceux-ci puissent également contribuer à l’annotation. A chaque projet peuvent être associées plusieurs reconstructions, ce qui facilite la propagation des annotations. Le propriétaire d'un projet définit des droits différents (lecture, écriture, ...) sur les réseaux du projet pour chaque participant. Nous avons également développé des outils d’évaluation du réseau métabolique, comme la visualisation des relations Gène-Protéine-Réaction ou des outils d’évaluation des voies métaboliques, dans le but de mettre en lumière des anomalies présentes dans ce réseau. Dans un processus d'annotation collaborative, nous avons mis en place également un système de vote pour définir la confiance que l'on a dans les entités du réseau. Par exemple, l'utilisateur peut voter pour la présence ou l’absence d’une réaction, ou, simplement signaler que certains de ses attributs sont erronés. Dans ce cas, il peut accompagner son vote d'un commentaire et d'un fichier attaché justifiant celui-ci. La décision finale revient alors au responsable du projet qui peut comparer les votes des différents participants du projet dans le but d’obtenir une meilleure reconstruction.

Recherche de la meilleure disposition clavier par Bundling

URL: http://www.recherche.enac.fr/~hurter/KDEEB/KDEEB.html
Description détaillée: Stage_2014_Floreal_Cabanettes_Description.pdf

Dans le cas d'un clavier d'ordinateur où l'on tape avec les deux mains, la disposition de clavier idéale serait celle où l'on tape alternativement de chaque main, car elle maximise l'efficacité. Dans ce cas, si l'on trace les trajectoires correspondant aux touches (les lettres) nécessaires aux mots tapés, chaque trajectoire passe alternativement du côté gauche et droit. La région la plus dense devrait donc être la région centrale du clavier. Si l'on se contente de tracer les trajectoires, force est de constater que ça rend quelque chose de peu lisible. Nous avons donc réalisé un bundling sur le graphe formé par les trajectoires, qui consiste à attirer chaque trajectoire vers les régions les plus denses en pixels. L'algorithme de bungling m'a été fournit au début de mon stage. J'ai du l'adapté pour pouvoir faire du Bundling sur clavier, car il ne le faisait pas à l'origine. J'ai également créé une interface permettant de faire les bundlings en click-bouton, et de définir les différents paramètres. Cette méthode a permis de montrer que le clavier Dvorak est bien un clavier plus optimisé que le clavier Azerty, mais il reste du travail pour que la méthode soit toujours efficace pour montrer à chaque fois les claviers les plus optimisés.

Projets personnels

Cool Cooking

URL: https://www.coolcooking.fr

Depuis que j’ai découvert cet art, j’ai voulu le maîtriser ! Après avoir réalisé quelques « classiques », j’ai appris à apporter ma touche personnelle à chaque plat. J’ai découvert la joie qu’apporte un plat réussi, et je me suis dit : pourquoi ne pas partager mes trouvailles ? J’ai alors cherché comment créer un site web, j’ai fait un design, codé ce qu’il fallait coder… Puis j'ai réfléchi à l'orientation que devait prendre ce site. Un site pour faire de la cuisine cool, sans pression ni stress ! Et c’est ainsi que Cool Cooking est né !

QRecipeWriter

URL: https://qrecipewriter.coolcooking.fr

Logiciel de création de recettes pour site de cuisine propulsé par Wordpress. Le logiciel permet de faciliter l'écriture de recettes de cuisine grâce à une interface intuitive. Ensuite, le code HTML de la recette est automatiquement généré, et la recette peut être envoyée automatiquement sur le site web. QRecipeWriter propose de nombreuses options de personnalisation de la recette. Logiciel OpenSource publié sur Github. Logiciel codé en C++ avec la librairie graphique Qt.

PyWebCooking

URL: https://github.com/FloArt/pywebcooking

[En développement] CMS dédié aux blogs de cuisine. Ce CMS propulse votre site de cuisine, en gérant l'ensemble de vos recettes. Spécialement conçu dans ce but, de nombreuses fonctionnalités dédiées à la cuisine (recherche par ingrédients, quantités pour un nombre donné de personnes, ...) seront possibles une fois le projet terminé. Ce CMS se veut léger et donc rapide. Construit avec le framework Django, sous Python 3. Prévu pour s'interfacer avec MariaDB (mais possibilité d'utiliser un autre type de bases de données, on est avec du Django ! :-)). À terme, ce CMS propulsera mon blog de cuisine cité ci-dessus.
Note : ce projet est encore au début de son développement, et n'est pas encore fonctionnel. Un peu de patience :-)

Randonnées à vélo

*URL: https://rando.alypie.fr

Passionné de vélo depuis mon plus jeune âge, j'ai récemment fait l'acquisition d'un vélo de compét' (de type fitness, entre le VTC et le vélo de course). Depuis, j'aime faire des petites randonnées le week-end dès qu'il fait beau ! J'utilise ce site web pour planifier mes futures randos à tester et pour stocker mes anciennes randos avec mon avis et la difficulté ressentie. Ce site s'adapte aux mobiles, et on peut ainsi lancer depuis son smartphone la navigation Google Map en un clic ! Je n'ai pas trouvé d'équivalent dans ma région, j'ai donc décidé de me lancer ! Et puis, si d'autres par hasard habitent près de chez moi, ça peut toujours leur servir ;-)

Linux Team

URL: https://linux-team.alypie.fr

Il s’agit d’un site web dont le sujet principal est Linux. J'y livre divers astuces. Soit des choses que j'ai fait et que je partage pour éventuellement aider d'autres linuxiens en difficultés, soit des manipulations compliquées que j'essaie d'expliquer le plus clairement possible, toujours dans l'optique de partager mes connaissances.

Trois Filles, Une Vie

*URL: À venir

Ceci est le scénario que je me décide après plusieurs années à écrire, enfin. Après de longues années et mois de maturation dans ma tête, je veux maintenant le mettre sur papier. Il s'agit d'un scénario de film, qui idéalement serait réalisé également... Mais bien sûr, là c'est plus compliqué, mais je garde espoir ! Il s'agit d'un film du genre Thriller / Fantastique. Le site est en construction et donnera au fur et à mesure que j'écrirai l'histoire de plus en plus de détails à propos de cette merveilleuse histoire.